非構造化エピトープとLong CDR H3ループの構造予測に挑む
十数残基を超える長いCDR H3ループやDisordered エピトープを持つ抗原抗体複合体の構造予測にレプリカ交換MDを応用
シュレーディンガーの創薬プラットフォームは、物理学の第一原理に基づいた計算化学技術を駆使することで、タンパク質立体構造情報に基づく高度な薬物設計を可能とし、世界中の主要製薬企業で活用されています。 弊社のソフトウェアを用いた抗原抗体シミュレーションの最新の成果について、下記セミナーにてご紹介します。 第22回日本蛋白質科学会年会 ランチョンセミナー 【開催日時・場所】 6月7日(火) 12:00 - 12:50 会場：つくば国際会議場2F E会場 セッションID：LS1E 【プログラム】 Schrödinger's approach to physics-based antibody analysis and design: dealing with disordered epitopes and very long CDR H3 loop 企業展示ブースにも出展しておりますので、ぜひお立ち寄りください。シュレーディンガーのBiologics Modeling Suite: BioLumimateをご体験いただけます。
基本情報
本セミナーでは、シュレーディンガーのBiologics Modeling Suite: BioLumimateを用いた一般的な抗体の３Dモデリング技術に加えて、タンパク・タンパク・ドッキングを用いた抗原抗体複合体構造の予測や、自由エネルギー摂動法（FEP）によるアフィニティ・安定性予測などについて解説します。また、単独では特定の安定コンフォメーションを持たないDisorderedエピトープを有する抗原について、MDシミュレーションとOrithogonalな実験データを活用した、抗原・抗体複合体構造推定の可能性について議論します。さらに最近、我々はこの手法が20アミノ酸残基を超えるような長いCDR H3ループを持つ抗体と抗原の複合体構造の予測に対して非常に有効であることを明らかにしました。本セミナーではこの非常に長いH3ループ構造予測の事例について、AlphaFold2による予測結果との比較も交えてご紹介します。
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取り扱い会社
シュレーディンガー株式会社は、アメリカ・ニューヨークに本社を置く、Schrödinger Inc. の日本法人です。Schrödingerは、マテリアルズ・サイエンスとライフ・サイエンス分野を中心に、化学とコンピュータ・サイエンスの先進技術を融合させたソフトウエアの開発に約30年の歴史を持ち、創薬、バイオロジクス、材料研究開発に高度なソリューションを提供します。
