『MOE』結合部位における溶媒解析
3D-RISM 法に基づいて分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析
MOE に搭載されているSolvent Analysis は、3D-RISM 法に基づいて、 分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析することができます。 分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。 Solvent Analysis は溶媒効果を可視化することで、タンパク質－リガンド間の相互作用の理解と新規リガンド設計を支援します。 【Solvent Analysis の特長】 ■3D-RISM 法に基づいて1 分子系あたり数分で計算 ■複合体、リガンド、受容体の各分子系を同時に処理 ■計算には水分子の相関を考慮 ■水分子だけでなく、イオンや疎水性原子の存在確率も可視化 ■長時間のシミュレーションが不要 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
基本情報
【Solvent Analysis による解析】 ■結合部位内の水分子、Na+、Cl-、疎水性原子の存在確率の高い領域を可視化 ■酸素原子、水素原子を独立して評価することで水分子の配向を予測 ■分子系に接している水分子の隣の水分子についても可視化 ■脱水和エネルギーマップによる、水素結合や疎水性相互作用、水分子を 介した水素結合ブリッジの理解を支援 ■複合体、リガンド、受容体の各エネルギーマップの比較による リガンドの修正もしくは保存すべき原子団の判別 ■Water Siteの予測と水分子の配置 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
価格帯
納期
用途／実績例
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取り扱い会社
株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを提供し、お客様の研究開発に貢献しています。弊社スタッフは、優れた技術を持つ国内外の多数のビジネスパートナーと密接に連携し、お客様のニーズに応じて研究開発活動を支援するソリューションの導入支援および技術サポートを提供いたします。研究開発のDX推進による効率化とコスト削減をお考えの方は、ぜひ弊社までお気軽にお問い合わせください。
