GENEVESTIGATORを使ったPCSK9遺伝子の解析
GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの遺伝子発現解析の結果を統合してPCSK9遺伝子の機能を解析
Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
基本情報
プロプロテイン変換酵素サブチリジン／ケキシン9型(PCSK9)は血漿中のコレステロールの恒常性の調節に対して極めて重要な酵素です。それは低比重リポタンパク質(LDL)受容体パスウェイおよび肝臓でのLDLの分解の天然阻害剤として働きます。 GENEVESTIGATORを使った詳細な解析によりPCSK9の発現は栄養状態およびスタチン治療により直接間接の両方で調節されていることが確かめられました。さらに、PCSK9の恒常性は炎症性大腸炎や消化管癌のような消化管の疾患で変動しています。脂肪酸代謝に関連するいくつかの遺伝子が主な共発現する遺伝子として確認されました。 最後に、我々の解析結果はPCSK9が気管支上皮細胞で高発現しておりこの組織で主要な役割を果たしている可能性があることを示しています。
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この製品に関するニュース（8）
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【新製品情報】BIOVIA COSMOlogic製品 2022年版リリース
昨年12月にBIOVIA COSMOlogic製品の2022年版がリリースされました。 製品としては、BIOVIACOSMOtherm、BIOVIA COSMOconf、BIOVIA COSMObase、 BIOVIA COSMOplex&perm、ならびにBIOVIA TURBOMOLEの5製品です。 当資料では、2022年版の新機能や改善された機能について紹介します。 ぜひ、カタログをダウンロードしてご覧ください。
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【技術情報】SciMAPSによる熱伝導率計算
電子機器の小型化・高機能化により増大する発熱方向の制御、車載電子機器の 動作温度の維持、排熱再利用による未利用エネルギーの削減などにおいて、 材料による伝導熱の制御（サーマルマネージメント）は1つの課題となっています。 原子の分布、官能基の配向等の原子・分子レベルでの挙動と熱伝導率の関係を 詳細に調べられる分子シミュレーションによるアプローチは、ナノスケールの 情報によるサーマルマネージメント材料の探索手法として利用されています。 当資料では、『SciMAPS』の熱伝導率計算機能を使って、低分子、高分子、 アモルファスと結晶の3つの観点から検討した事例を紹介します。 ぜひ、カタログをダウンロードしてご覧ください。
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【技術情報】共有結合ドッキング KNIME ワークフロー
「KNIME」はデータ分析やレポート作成を行うためのオープンソースの統合 プラットフォームです。 BioSolveIT 社は、KNIMEのパートナーであり、創薬支援ツールをKNIME上で 実行するためのノード群を無償で提供しています。 当資料では、SeeSAR 11で追加された共有結合ドッキングの機能を用いた KNIME ワークフローを紹介します。 ぜひ、カタログをダウンロードしてご覧ください。
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MOLSISニュースレター 第21号 2022.04
米国CDD社により開発・運用されている「CDD Vault」は、2022年1月～2月の 更新で、サンプル管理機能において、"構造式を持つ化合物"と"構造式を 持たないその他のサンプル"に加えて、アミノ酸配列で表されたペプチド、 核酸塩基配列で表されたDNA/RNA、複数の構成成分からなる混合物を 扱えるようになりました。 当資料では、熱力学物性推算ソフトウェアなどの新製品情報をはじめ、 統合計算化学システムの技術情報についてご紹介しています。 ぜひ、カタログをダウンロードしてご覧ください。
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【技術情報】PROTAC Modeling Toolsの追加手法
『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEの カスタムアプリケーションです。 複数の手法によりPROTACを介した三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3 リガーゼ）構造の予測とモデリングを容易に行えます。最近、三元複合体構造を モデリングするための新たな手法が追加されました。 当資料では、PROTAC Modeling Toolsに追加された手法の概要とその適用事例 について紹介します。 ぜひ、カタログをダウンロードしてご覧ください。
取り扱い会社
株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを提供し、お客様の研究開発に貢献しています。弊社スタッフは、優れた技術を持つ国内外の多数のビジネスパートナーと密接に連携し、お客様のニーズに応じて研究開発活動を支援するソリューションの導入支援および技術サポートを提供いたします。研究開発のDX推進による効率化とコスト削減をお考えの方は、ぜひ弊社までお気軽にお問い合わせください。
