RNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアライメントからパスウェイを使った生物学的解釈まで実行
Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。 Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。 Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。 Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。
基本情報
RNA シークエンス（RNA-seq）は数多くの新しい発見をもたらしています。RNA-seq を使うことで、次のような解析が可能になります。 1. 遺伝子発現解析 2. 転写産物発現解析 3. 選択的スプライシング解析 4. 新規エクソンや新規転写産物の発見 5. アリル特異的発現解析 6. コーディング領域のSNV 解析 7. パスウェイ解析や生物学的解釈 Partek Flowを使って1～4、Partek Genomics Suiteを使って5～6、Partek Pathwayを使って7のデータ解析を行います。 この実験ではユーイング肉腫から得られた2 つのがん細胞株を比較します。原発性細胞株と転移性細胞株です。同じ患者から得られたがんではない線維芽細胞を “正常”として対照群にします。正常組織とがん組織の間のゲノムの変化に加えて、原発性のがんが転移性のがんになり他の組織へ広がっていくメカニズムについても解析します。
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取り扱い会社
株式会社モルシスは、計算化学および情報科学に基づくパッケージソフトウェアや研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポートを行っています。生命科学と材料科学の基礎研究分野で、ユニークなソリューションと多彩なサービスを提供し、お客様の研究開発に貢献しています。弊社スタッフは、優れた技術を持つ国内外の多数のビジネスパートナーと密接に連携し、お客様のニーズに応じて研究開発活動を支援するソリューションの導入支援および技術サポートを提供いたします。研究開発のDX推進による効率化とコスト削減をお考えの方は、ぜひ弊社までお気軽にお問い合わせください。
