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十数残基を超える長いCDR H3ループやDisordered エピトープを持つ抗原抗体複合体の構造予測にレプリカ交換MDを応用

本セミナーでは、シュレーディンガーのBiologics Modeling Suite: BioLumimateを用いた一般的な抗体の３Dモデリング技術に加えて、タンパク・タンパク・ドッキングを用いた抗原抗体複合体構造の予測や、自由エネルギー摂動法（FEP）によるアフィニティ・安定性予測などについて解説します。また、単独では特定の安定コンフォメーションを持たないDisorderedエピトープを有する抗原について、MDシミュレーションとOrithogonalな実験データを活用した、抗原・抗体複合体構造推定の可能性について議論します。さらに最近、我々はこの手法が20アミノ酸残基を超えるような長いCDR H3ループを持つ抗体と抗原の複合体構造の予測に対して非常に有効であることを明らかにしました。本セミナーではこの非常に長いH3ループ構造予測の事例について、AlphaFold2による予測結果との比較も交えてご紹介します。

モノクローナル抗体、ワクチン抗原、酵素、ペプチドなど、多様なバイオロジクス・抗体創薬のための統合ソフトウェア

BioLuminate 弊社のタンパク質構造モデリング技術により、 1.類似するタンパク質の構造を予測し、 2. タンパク質工学的な機能として、a.凝集性予測、b.ホットスポット同定、c.残基解析、 3. 抗体モデリング機能として、a.アミノ酸配列からのCDR予測、b.ループ予測、c.ヒト化、d.抗原・抗体ドッキングシミュレーション、 4. タンパク質-タンパク質相互作用解析機能として、a.ドッキング解析、b. 残基変異に伴う親和性変化の予測、c.アラニンスキャニング、等の各機能を備えています。 Protein FEP+ 主に自由エネルギー摂動法を応用したエネルギー解析技術は、タンパク質の残基に対して用いることにより、高精度な予測値の算出を可能にします。さらに弊社のBioLuminateと組み合わせて利用することで、総合ツールとしてバイオロジクスの多岐にわたるシミュレーションを可能にします。 #バイオロジクス #モデリング #シミュレーション #予測 #構造 #抗体　#低分子 #創薬